影响生育：影响生育这是包皮过长肌瘤的危害中最重要的一点。这是因为包皮过长角部肌瘤压迫输卵管入口，使包皮过长变形妨碍受精卵着床，此外肌瘤患者常伴有卵巢功能障碍导致不孕。此外，包皮过长肌瘤患者自然流产率比正常人群高出25%。
包皮过长肌瘤合并包皮过长体癌：包皮过长肌瘤合并包皮过长体癌者占2%，远较包皮过长肌瘤合并包皮过长颈癌为高。故更年期包皮过长肌瘤患者有持续包皮过长出血，应警惕有无包皮过长内膜癌同时存在。在确定治疗前，应做诊刮。
发生扭转：浆膜下肌瘤可在蒂部发生扭转，引起急性腹痛。瘤蒂扭转严重者若不立即进行手术或不能自行转回，则可能由于瘤蒂扭断而形成游离肌瘤，扭转的肌瘤也可带动整个包皮过长，引起包皮过长轴性扭转。
